AZ 1989-es esztendőben a McLaren alakulatának helyezte nem volt olyan egyszerű, mint egy évvel korábban, azonban a McLaren-Honda MP 4/5 3,5 literes V10-es motorja Senna és Prost vezetői tudásával kombinálva a Formula-1 történetének egyik legsikeresebb párosítása volt. A Renault is V10-es motorokat épített, akik a Williams csapat motorszállítójaként két győzelmet szereztek az 1989-es esztendőben Thierry Boutsen révén.

Nigel Mansell az új évadban a Ferrarinál keresett kihívást, ahol Gerhard Berger csapattársaként állhatott rajthoz a megmérettetéseken. Az osztrák versenyző az Imolában megrendezésre került futamon súlyos balesetet szenvedett a Tamburello kanyarban, s csak szerencsének, valamint a pályaőrök gyors beavatkozásának köszönhette életben maradását. Berger túlélte a balesetet, így Tamburello továbbra sem került átépítésre. A Formula-1 felelősei nagy gondot fordítottak a biztonság fejlesztésére, ám miután számos súlyos baleset tragédia nélkül ért véget biztosak voltak abban, hogy a korábbi évekhez képest jelentősen megnőtt a Formula-1 biztonsága. Martin Donelly Jerezben balesetet szenvedett, aminek következtében az ír versenyzőt súlyos sérülésekkel szállították kórházba. A pilóta balesetét hamar elfeledték, s továbbra is a Formula-1 biztonságosságának adtak hangot. Senna azonban tisztában volt hivatása veszélyeivel. "Mindannyiunk számára világossá vált, hogy milyen veszélyeknek vagyunk kitéve." – nyilatkozta a bajnok. A baleset azonban sem őt, sem pilótatársait nem tartotta vissza a versenyzéstől.

Az 1989-es évadkezdetén úgy tűnt Alain Prost számára nagy terhet jelent a csapattársával való rivalizálás. Az öt évvel fiatalabb brazil versenyző az edzések során gyakran legyőzte márkatársát. Prost nehezményezte, hogy Senna nem tartotta be a korábban megbeszélt előzési tilalmat az első körben. Senna diadalmaskodott, míg Prost az 1988-as Estorili versenyre emlékeztette Sennát. "Soha nem változol meg." Amire a brazil versenyző csak azt válaszolta: "Ha lehetőségem nyílik az előzésre, meg is teszem azt."

Az 1989-es világbajnokság Prost javára látszott eldőlni, amikor Senna három egymást követő versenyen Amerikában, Kanadában és Franciaországban is technikai hiba miatt feladni kényszerült a küzdelmet. Prost önbizalmát a győzelmek mellett egy a Ferrari alakulatával kötött szerződés is növelte. "Most, hogy mindenki tudja, hogy el fogom hagyni a McLaren alakulatát megkönnyebbültnek érzem magam. Végre ismét csak a munkámra összpontosíthatok, anélkül, hogy aggódnom kellene azért, hogy Ron Dennis szerződést hosszabbít-e velem. "

A Francia Nagydíjon Prost mellett egy másik fiatal francia pilóta is lehetőséget kapott a Tyrrell alakulatától a bizonyításra. Alain Prost a tizenhatodik pozícióból a második helyre zárkózott fel, akinek végül a negyedik hellyel kellett megelégednie. Bár a dobogós helyezésről lecsúszott Alesi, számos csapatvezető felfigyelt tehetségére. Egy évvel a debütálását követően Alesi szerződést kapott a Ferrari alakulatától.

Hockenheimban ismét Ayrton Senna állhatott fel a dobogó legmagasabb fokára, akivel a díjkiosztást követően közölték, hogy menedzsere és egyben barátja Armando Botelho a futamot megelőző éjszaka súlyos betegség következtében elhunyt.

Portugáliában Mansell vezető pozícióból gurult ki a boxba, aki egy tévedést követően hátramenetben haladt a boxutcában, ami az akkori szabályok értelmében kizárással járt. Mansell ennek ellenére újra pályára lépett, majd nekiütközött Ayrton Senna autójának. Mansell büntetése a fekete zászló figyelmen kívül hagyása miatt pénzbírság, valamint egy versenytől való eltiltás volt.

Az utolsó két futamot megelőzően Prost 76:60 arányban vezetett Senna előtt az összesítésben, míg Senna a tizennégy versenyből hét megmérettetés során ért célba pontszerző helyen. Két győzelem esetén pontjainak száma 78 lett volna, azonban azonos pontszám esetén megvédhette volna világbajnoki címét Prosttal szemben, aki négy győzelmet könyvelhetett el magának.

1989. október 22-én Suzukában bőgtek fel a versenyautók motorjai, ahol Alain Prostnak jó esélye volt arra, hogy az évad vége előtt megszerezze harmadik világbajnoki címét. A francia versenyző a verseny első felében a mezőny élén állt, amikor a boxba hajtott kerékcserére. Senna csapattársa autójának szélárnyékban haladt, amikor az ötvenhárom körös megmérettetés negyvenhetedik körében megpróbálta megelőzni riválisát a célegyenesben. Prost megpróbálta kivédeni Senna támadását. "Biztos voltam benne: vagy nyerek, vagy balesetet szenvedek." – nyilatkozta Prost. "Tudtam, hogy mindenáron győzni szeretne. Ayrton legnagyobb problémája az, hogy nem tud veszíteni és nem tudja elfogadni, ha valaki védekezik a támadása ellen." – folytatta a francia pilóta. Senna véleménye azonban nem egyezett csapattársa álláspontjával. "Számomra csak egy olyan hely volt, ahol előzni lehetett, és éppen ott zárták le előttem az ívet, és éppen egy olyan valaki, akinek nem kellett volna ott lennie. "

Mialatt Prost kiszállt a pálya szélén parkoló autójából, Senna autóját a pályaőrök visszatolták az aszfaltra. A brazil pilótát elsőként intették le a kockás zászlóval. Sennát később külső segítéség igénybe vétele miatt kizárták a versenyből, így a győztes Alessandro Nannini lett. Párizsban eközben a bíróság 100.000 dolláros bírsággal sújtotta Sennát, és fennállt a veszélye annak, hogy visszavonják szuperlicenszét veszélyes manővere miatt.

Az évad a Williams versenyző, Thierry Boutsen győzelmével zárult, s Alain Prost számára egy újabb világbajnoki címmel, aki az elkövetkezendő esztendőben a Ferrarihoz igazolt.